海军总部在斯普利特，下辖：5个海军基地、海军陆战队(1个独立陆战队连)、海岸警卫队(下辖：个师I(总部在斯普利特)、II(总部在普拉)等。现在，克罗地亚海军人数约为3000人，加上海军陆战队之后的总数。
此后，独立后的克罗地亚陷入经济困境。当时建军比较迫切，所以重点是长期建军。几年前，克罗地亚海军建造了自己的巡逻艇，这是克罗地亚开始重视海军的第一步。
浮士德弗兰契奇号潜艇救援船。满载排水量1590吨；长55.5米，宽12米，吃水4.3米；2台柴油发动机，双轴，4340马力，速度13节；总部有19名成员。这艘船可以携带救生钟，执行水下救援300米潜艇的任务。
南斯拉夫解体后，克罗地亚继承了大量的海军造船厂，使得建造迷你迷你潜艇成为可能，救援船被用来保证本国迷你潜艇的安全。作为一个小型海军，该型舰还是挺划算的，性价比很高。
芬兰建造的两艘赫尔辛基级导弹艇。满载排水量300吨；长45米，宽8.9米；速度30节；主要武器：1门博福斯57mm/70mm炮；两门双联装萨科23mm /87炮；4台萨博RBS 15反舰导弹发射器。两个深水炸弹投放装置。(赫尔辛基级原来装备的“西北风”防空导弹是否保留，不得而知)
两艘国王级快速攻击艇。满载排水量385吨；长53.6米，宽8.5米，吃水2.3米；3台柴油机，三轴，12500马力，速度36节；主要武器为1门博福斯57mm炮和1门AK-630近防炮；四枚萨博RBS-15反舰导弹。
作为南斯拉夫的海军遗产，它被继承给克罗地亚，现在也是克罗地亚维护其近海权益的保障。携带的反舰导弹能对现在的大型舰艇起到多大的威慑作用，见仁见智。毕竟沱江级现在可以称得上航母杀手了。
1艘Sibenic级导弹艇。满载排水量271吨；长45米，宽8.4米，吃水2.6米；两台巡航柴油机和两台加速燃气轮机，最大航速38节；1门博福斯57mm炮和1门AK-630近防炮；四枚萨博RBS-15反舰导弹。
四艘lowig级巡逻艇。满载排水量142吨；长32米，宽6.7米，吃水2.3米；2台柴油发动机，双轴，5292马力，速度28节；1门40毫米火炮、1挺四联高射机枪和1枚四联SA-N-5防空导弹。
两艘Cetina级登陆舰。满载排水量880吨；长49.7米，宽10.2米，吃水3.2米；2台柴油发动机，双轴，3100马力，速度12节；一门40毫米火炮或两门30毫米火炮一式两份，SA-N-5防空导弹一式四份。
海军新造的一艘巡逻舰，长43.25米，宽8米，排水量216吨，装备部分轻武器。
这是克罗地亚海军主力舰艇的第一任指挥官，在巴尔干的亚得里亚海沿岸仍有一定实力。但对于亚得里亚海对岸的意大利海军，比如前南斯拉夫邦联兄弟门丁内戈罗和斯洛文尼亚，实在不值一提。克罗地亚海军的一些导弹艇、炮艇、潜艇、特战潜艇都是自制的。可见当年南斯拉夫邦联的造船实力，对于一个小国联盟来说，真的不算多。
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