生命科学、医学、化学、药学等领域的科研人员，经常需要借助各种在线数据库，以便高效完成科研工作。因此整理了生物医学、化学、新药研发等常用数据库及网站向大家分享，主要分为以下8大类，欢迎交流补充！
文献检索网站
基因组、蛋白质组数据库
蛋白序列、基因序列、CRISPR工具网站
生信分析工具网站
NovoPro（集大成的在线工具）
化学小分子药物数据库
专利下载数据库
新药研发常用数据库及网站
01文献检索网站
1、PubMed（很常用）
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
2、Sci-hub（一些收费的文献，可以尝试在这里免费下载）
https://sci-hub.se/
3、Google Scholar（搜索能力很强，但有使用门槛）
https://scholar.google.com/
4、Xmol（搜索界面很友好，可按影响因子及年限搜索）
https://www.x-mol.com/
5、必应（Google Scholar用不了时用它）
https://cn.bing.com/
6、web of science（文献搜索利器）
https://www.webofscience.com/
02 基因组、蛋白质组数据库
1、Uniprot（蛋白质的各种数据，很全很详细）
https://www.uniprot.org/
2、PDB（蛋白质晶体数据，应有尽有）
https://www.rcsb.org/
3、KEGG（基因组、信号通路等信息）
https://www.genome.jp/kegg/
4、Genecards（基因数据库）
https://www.genecards.org/
5、Gene Ontology（基因、信号通路）
http://geneontology.org/
03 蛋白序列、基因序列、CRISPR工具网站
1、NCBI Blast（常用）
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
2、Clustal Omega（好用）
蛋白序列、DNA序列比对。
https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/
多序列比对
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
3、Primerbank
有很多被验证过好用的qPCR引物（人和小鼠基因）。
https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
4、Broad sgRNA Database（已验证的sgRNA库）
哈佛大学与麻省理工学院的Broad研究所设计的已验证过的gRNA数据库，方便查询。
https://www.genscript.com/gRNA-database.html
5、CHOPCHOP（sgRNA在线设计）
http://chopchop.cbu.uib.no/
6、CRISPick（sgRNA在线设计、及查询）
哈佛大学与麻省理工学院的Broad研究所提供的工具。
https://portals.broadinstitute.org/gppx/crispick/public
7、Addgene（质粒序列数据库）
https://www.addgene.org/
8、Snapgene（质粒序列数据库）
https://www.snapgene.com/
04 生信分析工具网站
1、GEPIA（基因表达分析）
由北京大学的团队开发的基因表达分析网站，可做TCGA+GTEx数据分析等。
http://gepia.cancer-pku.cn/
2、R2(生信分析工具)
https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi
3、Kaplan-Meier Plotter
对多种肿瘤标志物进行大数据分析
https://kmplot.com/analysis/
4、Human Protein Atlas
用于人类蛋白质全基因组分析，包括组织、大脑、单细胞、亚细胞、免疫细胞、mRNA、代谢等数据。
https://www.proteinatlas.org/
05 NovoPro（集大成的在线工具）
https://www.novopro.cn/tools/
在线工具：
- 多肽性质计算器
- 密码子优化工具
- 多肽抗原设计
- 核酸序列DNA GC含量计算器
- 重复序列查找
- 蛋白质二级结构定义工具
- 查找回文序列
- 蛋白疏水性分析
- 蛋白质消光系数计算器
- 寡核苷酸(引物)计算器
- 简并密码子/简并引物设计(deCoDer-R)
- 简并密码子/简并引物设计(非冗余)(deCoDer-NR)
- 计算简并密码子编码氨基酸
- 蛋白溶剂可及表面积计算器
- 蛋白质信号肽预测
- 蛋白质跨膜区预测
- 蛋白质核定位信号预测
- 蛋白二级结构预测
- 硒代甲硫氨酸替换成甲硫氨酸
- 多肽序列转成SMILES
- 多肽库设计
- 蛋白酶消化工具
- SMILES转成3D结构模型
- 3D模型分子转成SMILES
- NCBI BLAST(秒开)
- 3D结构模型在线绘图
- 结合能计算亲和力
- 抗体可变区序列编号
- 抗体可变区FR/CDR标注
- 多序列比对
- 环形DNA比对工具
- 序列文件格式转换
- 蛋白质/多肽等电点计算器
- 蛋白质可溶性预测
- 双序列比对（全局比对）
- 双序列比对（局部比对）
- 蛋白质无序区域预测
- 蛋白质motif分析
- 蛋白质SDS-PAGE显示分子量预测
- 小分子相似性计算
- 二级结构与序列美化展示
- 离心机转速与离心力在线换算
格式转化工具：
-
反向核酸序列互补转换
-
反向翻译
-
FASTA序列拼接
-
EMBL格式转换为FASTA
-
EMBL翻译后序列提取
-
EMBL序列特征提取
-
DNA序列过滤器
-
蛋白质序列过滤器
-
GenBank转换为FASTA
-
GenBank序列特征提取器
-
GenBank翻译提取器
-
单字母简写转换成三字母氨基酸
-
提取指定位置DNA序列
-
提取指定位置蛋白质序列
-
按密码子拆分DNA序列
-
FASTA拆分
-
三字母氨基酸转换成单字母缩写
-
从窗口提取DNA序列
-
从窗口提取蛋白序列
序列分析工具：
-
密码子点阵
-
密码子频率及频次计算工具
-
CpG岛预测
-
计算DNA分子量
-
DNA模式查找
-
DNA碱基统计
-
DNA模糊搜索
-
蛋白质模糊搜索
-
序列相似性计算
-
多条蛋白质序列反向翻译
-
DNA序列突变成内切酶位点
-
开放阅读框ORF查找
-
成对排列密码子
-
成对排列DNA
-
成对排列蛋白质
-
PCR引物性质计算
-
根据引物模拟PCR产物
-
蛋白平均疏水性计算
-
蛋白分子量计算
-
蛋白质模式搜索
-
蛋白氨基酸统计汇总
-
虚拟限制性内切酶酶切
-
酶切位点汇总
-
DNA序列翻译成氨基酸序列
06 化学小分子药物数据库
1、PubChem
含有机小分子生物活性数据、生环化材中应用分子的数据模型库，可搜索到目标化合物相关的专利及文献。
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
2、新版有机人名反应数据库（Organic Name Reactions）
非常全，包括人名反应的反应机理、参考文献。
https://www.drugfuture.com/Organic_Name_Reactions/index.html
3、药物合成数据库检索系统（Drug Preparation Database）
https://www.drugfuture.com/synth/synth_query.asp
3、化学物质索引数据库（Chemical Index Database）
含有大量具药理活性及生物活性的化学物质信息数据
https://www.drugfuture.com/chemdata/index.aspx
5、ChemBlink
来自全球的化学物质在线数据库
https://www.chemblink.com/
6、化学物质毒性数据库（Chemical Toxicity Database）
收载约15万个化合物的有关毒理方面的数据，如急性毒性、长期毒性、遗传毒性、致癌与生殖毒性及刺激性数据等。
https://www.drugfuture.com/toxic/
7、药学数据库（MedPeer Drugs Database）
来自美国、欧盟、日本、加拿大等国家权威数据信息，药物、疾病、靶点数据。
https://pharmacy.medpeer.cn/
8、药物信息网（非常全）
提供超过 24,000 种处方药和非处方药的详细和准确信息。
https://www.drugs.com/
07 专利下载数据库
1、美国FDA药品专利数据库(U.S. FDA Drugs Patent Database)
https://www.drugfuture.com/fda/drugpatent.aspx
2、中国专利全文下载
https://www.drugfuture.com/cnpat/cn_patent.asp
3、美国专利全文下载
https://www.drugfuture.com/uspat/us_patent.asp
4、欧洲专利全文下载
https://www.drugfuture.com/eppat/patent.asp
5、Soopat专利搜索
http://www.soopat.com/
6、Patsnap智慧芽全球专利数据库（有的需要收费）
https://www.zhihuiya.com/products.html
08 新药研发常用数据库及网站
1、美国FDA药品数据库(U.S. FDA Drugs Database)
https://www.drugfuture.com/fda/
2、中国药品注册数据库(Chinese Marketed Drugs Database)
https://www.drugfuture.com/cndrug/
3、美国FDA批准药物非活性成分数据库（Inactive Ingredient Search for Approved Drug Products）
含有FDA上市产品中包含的辅料信息数据。
https://www.drugfuture.com/fda/IIG_query.aspx
4、FDA药品注册法规
https://www.registrarcorp.com/
5、Drugbank Online（临床试验数据库）
https://go.drugbank.com/
6、药用辅料手册(Handbook of Pharmaceutical Excipients)
最权威的制剂辅料专著!
https://www.drugfuture.com/excipients/browser.html
7、药品标准查询数据库（Drug Standard Database）
https://www.drugfuture.com/standard/index.html
8、ICH指南（国际人用药品注册技术协调会）
https://www.ich.org/
9、美国药典在线
https://www.drugfuture.com/Pharmacopoeia/usp32/
10、美国药典委员会USP
https://www.usp.org/
11、欧洲药典委员会EDQM
https://www.edqm.eu/en/home
12、国家药典委员会
https://www.chp.org.cn/
13、美国药品监督管理局FDA
https://www.fda.gov/
14、欧洲药品监督管理局EMA
https://www.ema.europa.eu/en
15、国家药品监督管理局NMPA
https://www.nmpa.gov.cn/
16、国家药品监督管理局药品审评中心CDE
https://www.cde.org.cn/
说明：本文内容经网络资源整理而成，仅用于分享知识信息，如涉及版权等问题，请联系公众号处理。
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